Servicio de Micobacterias realiza de forma rutinaria el diagnóstico bacteriológico y molecular de infecciones producidas por micobacterias principalmente tuberculosis y paratuberculosis. Además, realiza estudios de caracterización molecular y epidemiología. Las principales líneas de investigación del grupo son la puesta punto de nuevas tecnologías para el diagnóstico in vivo e in vitro de las principales enfermedades causadas por micobacterias, así como el desarrollo de nueva tecnología para estudios de caracterización molecular. El laboratorio también diseña estudios de campo de programas de control y erradicación en situaciones problemáticas para su posterior aplicación a nivel nacional. El laboratorio además asesora a los servicios de Sanidad Animal de las distintas Comunidades Autónomas, ganaderos y veterinarios, así como a Ministerios. Además, actualmente es el Laboratorio Europeo de la tuberculosis bovina (European Union Reference Laboratory for Bovine Tuberculosis), dando apoyo técnico y laboratorial a todos los Laboratorios Nacionales de Referencia (LNR) así como a los servicios veterinarios oficiales de la Unión Europea.